法定調書の提出はe-Tax（WEB版）が便利
年末調整で源泉徴収票などの法定調書を税務署に提出する際、e-Tax（WEB版）を利用すると便利です。徴収高計算書の提出もこちらを利用するとよいでしょう。
e-Tax（WEB版）は、確定申告書等作成コーナーや法人税のe-Taxソフトとは別のソフトですが、年末調整をした後の税務署への法定調書や徴収高計算書の提出、電子納税の際に便利なソフトです。パソコンにインストールする必要はなく、ウェブ上で利用することができます。
一方、市区町村への「給与支払報告書」の提出についてはeLTAXを利用するとよいでしょう。
税務署への源泉徴収票等の提出と電子納税
■税務署への源泉徴収票等の法定調書の提出
「給与所得の源泉徴収票」や「退職所得の源泉徴収票」、「報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書」、あるいは「不動産の使用料等の支払調書」などの法定調書をインターネットで提出することができます。
支払金額などによっては提出する必要のない人もいますので、要件を確認してから提出しましょう。
■受給者交付用の源泉徴収票
従業員への受給者交付用の源泉徴収票についてはプリントアウトして従業員に渡す必要がありますが、こちらのページから様式をダウンロードして印刷するとよいでしょう。
マイナンバー入力欄のある税務署への提出用は、e-Tax（WEB版）を利用すれば、特に必要ありません。受給者交付用にはマイナンバーを記載しないので、横線の入っている様式の方を使用するようにしましょう。
プリントアウトして従業員に渡す場合、押印は特に必要ありませんが、手書きの場合は社名の角印を押しておくとよいかもしれません。
■源泉所得税の電子納税
年末調整の結果、調整後の金額を税務署へ申告して納付することになりますが、納税についてもインターネットバンキングのPay-easyから電子納税できます。徴収高計算書の送信後、メッセージボックスへ受信通知メールが送信されてきますので、そちらから納付することができます。
この画面を経由せず、銀行のインターネットバンキングへ直接ログインする場合は収納機関番号などの入力があらためて必要になるため、上記のメールの「インターネットバンキング」からログインした方が簡単です。
提出期限は1月31日(土日をはさむ場合は繰り越し)までとなってます。
また、計算した源泉所得税の納付期限については、「毎月納付」の場合は翌月10日（12月分については1月10日）ですが、「納期の特例」を受けている場合は1月20日となってます。
市区町村への申告は「eLTAX」が便利
市区町村への「給与支払報告書」の提出についてはeLTAXが便利です。
給与支払報告書は「申告データ新規作成（地方税・国税）」から作成することができます。
平成29年1月から税務署への提出分（国税）もeLTAXで一元化して申告できるので、地方税・国税となっていますが、市区町村への提出分（地方税）の給与支払報告書だけを申告することもできます。
すべての従業員分を入力して作成を完了したら総括表も自動で作成されますので、署名をして送信するとよいでしょう。
作成を完了すると後から従業員のデータを追加できなかったので、途中で入力内容を保存をしながら作成していくことをおすすめします。
この給与支払報告書は、1月1日の時点で従業員の方が居住している市区町村へ提出することになりますので、12月中に送信しようとしてもできないかと思います。
当サイト運営者の場合、税務署へ提出する源泉徴収票はeTaxにて12月中に送信してますが、給与支払報告書についてはとりあえず署名して保存をしておき、仕事はじめの1月4日あたりに送信しています。
提出期限は1月31までとなっていますので、忘れずに送信するようにしましょう。